對自由時報8月8日報導「六輕周邊致癌物偏高，監測站不足」中，引述雲林縣環保局長陳世卿表示環保署設立的監測站明顯不足，環保署特此澄清。空氣污染防制法第十三條已明文規定「各級主管機關應選定適當地點，設置空氣品質監測站，定期公布空氣品質狀況」，針對空氣品質監測站的設置，中央與地方均有其權責。據環保署調查，全國已有10個縣市依據該法規定自行設有空氣品質連續自動監測站，惟雲林縣政府本身至今卻從未自行設置該類監測站。環保署認為該縣應趁此次檢討六輕空氣污染管制時機，加速依法自行視需要於當地設置監測站。倘該縣對於監測站設置在技術上有任何困難，環保署可予以協助。
環保署說，依據「空氣污染防制法施行細則」第五條第一項第三款規定，該署係負責全國性空氣品質之監測及監測資料之提供；同施行細則第六條也明確規定地方主管機關須負責當地空氣品質之監測及監測品質保證。目前，該署依法定權責設置的空氣品質監測站主要以監測全國性空氣品質變化，以反映大區域空氣品質分布狀況為主，全國已設有76座測站，其設站密度已較美、日先進國家高出甚多，上述監測設施均係全天候24小時連續自動監測，所有監測資料均即時在網路公布。該報導引述陳世卿局長指稱「部分代表性的污染物質，每一季才進行一次檢測」，該署並不瞭解所指為何，惟應非屬該署監測站之連續自動監測項目。
為了協助雲林縣掌握當地空氣品質，環保署目前於雲林縣台西、崙背及斗六等三地設有空氣品質監測站（六輕半徑60公里內測站分佈圖如附件），其中台西站除了一般性監測設施外，並置有光化學監測儀器，而崙背站則增置有微粒超級測站。此外，98年12月在雲林麥寮國小海豐分校設置光化行動監測站，包括光化學監測儀器及微粒監測設施，而該署亦設置行動監測車一部在雲林西螺地區駐點監測，時間長達六年之久，且目前亦仍持續執行中。而六輕北側的彰化縣二林地區，該署也設有空氣品質測站。
環保署表示，對於地方提出監測站設置之需求，中央向極重視，雲林縣政府曾於95年10間來文要求設置國家級測站，原來建議在台西設置微粒超級測站，96年1月該府更改要求，改在崙背設微粒超級測站。該署經過編列預算及依法採購等籌備程序後，亦已於99年3月於崙背完成設置超級測站，執行監測工作。
環保署強調，雲林離島式基礎工業區石化工業綜合區開發案環境監測工作，應依據「籌建烯烴廠暨相關工業計畫」環境影響評估審查結論辦理，由開發單位（台塑企業）每季提出「雲林離島式基礎工業區石化工業綜合區開發案環境監測報告」送雲林縣環境保護局、經濟部工業局、六輕監督委員及該署審查。而環保署自96年起，亦將每季環境監測報告登載該署六輕環境保護監督專屬網站，供各界查詢。雲林縣環保局應審慎檢視該監測資料，如發現監測結果有任何問題或監測項目不足，該局應立即要求台塑六輕企業提出補充說明或施測。
環保署認為，台塑六輕從90年至99年，總共繳交近四億元的空污費，雲林縣政府分配到60％，歷年來環保署也額外補助該局數千萬元。況且，六輕設廠至今已久，該局應依空污法法定職權設置監測設施，並整合相關單位所做之監測資料，掌握六輕運轉排放對當地空氣品質之影響情形。此外，六輕工安事件目前正由雲林縣政府進行公害糾紛調處程序，環保署建議該局可於調處過程中，協助民眾要求六輕在回饋項目中納入增加相關監測工作，以確保民眾健康。