環保署由衷感佩民眾團體對大潭藻礁生態保育的長期努力，並深切理解其對觀塘開發案的擔心疑慮，環保署強調本案環評審查過程，已採最嚴謹的程度，依現行環評法對已通過環評審查案之可能送審程序，要求開發單位陸續提出工業港環境現況差異分析及對策檢討報告（以下簡稱環現差）、工業區因應對策、工業區環境影響差異分析報告（以下簡稱環差）、工業港環差等4案併審，促使開發面積大幅降低，過程中並透過9天次環評會議開放民眾團體旁聽發言、4方推薦專家召開專家會議、2次現地勘查等，蒐集盤點民眾團體及專家意見，要求開發單位據以回應，綜上種種環評審查之努力，以及審查過程中秉持之公開透明度，足供外界公評。
觀塘工業區及工業專用港均屬88年至89年間已通過環評審查之案件，本次審查緣起之觀塘港環現差報告，係依該案89年4月27日環說書審查結論五提出，該報告送審目的在於個案環評審查通過、目的事業主管機關核發許可後，開發單位未必立即實施開發行為，故藉該報告之提出以分析環評階段預測與實際開發時之時空環境變異，檢討因應對策，未完成審查前不得實施開發行為，經主管機關審查通過後據以執行，以發揮環評制度之功能。
本次觀塘工業港環現差報告審查過程，除就工業港本身環保對策檢討外，在環評專案小組第1次初審建議下，環保署命緊鄰之觀塘工業區案亦應依環評法第18條第3項限期提出藻礁生態系因應對策；又在環評專案小組第2次初審要求釐清野動法第18條適法性或提出迴避替代方案下，促使開發單位提出工業區及工業港等2案環差併審，大幅縮減開發規模，例如工業區開發面積自232公頃縮減至23公頃、工業港碼頭海堤長度自2,860公尺縮減為1,688公尺等（其餘變更詳如附件），避開現況調查發現有殼狀珊瑚藻覆蓋及柴山多杯孔珊瑚分布區域，這也顯示出環評委員及民眾團體過程中表達意見已發揮其影響效果，對預防及減輕開發對藻礁生態之可能影響確具助益。
至於環評委員於本案審查過程，期盼能在國家整體能源轉型過程兼顧生態保育，積極提出臺北港丶林口港丶核四廠改建等其他天然氣接收站分析方案，環保署高度肯定委員建言，並建議能源政策主管機關經濟部當予重視並積極評估，納為政策推動之重要參考。然而，回歸本案環評審查範疇，上述其他地點替代方案均已超出觀塘工業區（港）原環評審查通過之開發範圍，尚無法逕納為本案檢討對策。
環保署已於107年9月26日環評委員會第338次會議就本案進行4小時之各方意見表達程序，並依環評委員建議，要求開發單位就民眾團體意見以書面方式逐項回應，該回應資料也已於107年9月28日上傳環保署環評書件查詢系統網站（網址：https://eiadoc.epa.gov.tw/eiaweb/FileStore.aspx?func=04）供外界參閱。