環保署針對本日反對人士的控告，作成五點回應如下：
1.近日新政府環保署及國科會對中科三期環評訴訟案的處理，是為前民進黨政府行政院長蘇貞昌、副院長蔡英文及署長張國龍，與環評委員中環團身分之代表間意見不一，以致爭議至今的事件(緣由詳文後附註及附件)，所做極負責任的善後處理方式。
2.最高法院判決撤銷中科三期環評結論(非判決停工，且環保署仍可申請再審)後，國科會對於中科三期做出決定，暫不令其停工及撤銷許可，是符合環境影響評估法、行政程序法、及目前已出爐審查中的健康風險評估結果，對附近居民健康無長期不利影響，即評估中科三期造成的健康風險非不可接受等事實，在保障民眾健康的前提下，「依法行政」所做成的決定。環保署除申請最高行政法院再審外，並遵從法院判決，繼續進行中科三期的環評審查，以便做出新的環評審查結論。並無外界指稱違法違憲情事。
3.環保署今日舉辦研討會，是希望與各界，包括反對人士，面對面溝通，就法論法，咬文嚼字下，徹底了解環保署及國科會「依法行政」所引據的法律條文。特別是，希望澄清在對於目前本案的狀態並未有授權環保署可下令停工的部分，反對人士有過高的期望，甚至誤指環保署違法失職的錯誤所在。實情是，在行政程序法與環境影響評估法的互補關係下，國科會才是依行政程序法的授權，可決定本案目前是否應下停工命令之主管機關，反對人士卻一直誤指為環保署。
4.最近外界反對人士在代理訴訟的律師領軍下，一些法律人在未明瞭事實及法律全貌，或站在反對立場，猶如大專辯論賽之反方，刻意忽略關鍵法律條文，或選擇片面有利反對之方式解讀法律條文，在雜誌、報紙、媒體發聲，試圖影響社會大眾，形成本署「未依法行政」的印象，以聲援反對人士。
5.今日在代理訴訟律師領軍，以農民環保團體名義，在研討會場門前宣布控告環保署長、國科會主委及中科管理局局長於目前處理中科三期案方式為刑事瀆職。其目的是，在明知本案係本署在所本法律依據為正確情形下所做處理，卻於未進場討論前，即先以口號、標語及群眾，利用媒體特性，繼續營造本署「未依法行政」之大眾錯誤印象，以聲援本案的反對人士。
附註：95年6月30日台中縣后里七星農場中科三期環評案環評大會表決，以委員數11比8有條件通過環評報告，且不必進入第二階段環評。由於環評大會主席張國龍裁示，可於會後再提出此案環評結論中附帶條件之修改意見，7月5日投反對票的八位委員聯名提出將附帶條件中「於營運前完成健康風險評估」，修改為「於施工前完成健康風險評估」等意見。環保署於內部簽核，最後署長張國龍並未採納此八位委員的意見，其中大部分有環保團體成員身分，引起事後興訟，致戰火延燒至今。