針對台灣立報99年11月11日報載「國光一開發 人民健康沒了」一文，提及「…上一次的會議中，仍有許多疑問尚未釐清，台大公衛系教授吳焜裕和會議主席蔣本基堅持召開第3次會議，但卻遭綜計處人員反對。只是原本應該以專家為主，根據專業下判斷的會議，綜計處人員卻干預決策，…」並非事實，99年8月24日「健康風險評估」議題專家會議第2次延續會議中，本署綜計處人員僅是在主席蔣教授本基詢問會議程序及行政事宜時給予意見，並未干預決策，且吳焜裕教授雖出席該次會議卻先行離席，並未參與最後會議結論之討論，何來該報所稱台大公衛系教授吳焜裕堅持召開第3次會議之情事？且專家會議結論係為專家之共識決，而非單憑單一專家之看法。
另針對台灣立報及苦勞網報導質疑「彰化縣西南角（大城）海埔地工業區計畫環境影響評估報告書初稿」及「彰化縣西南角（大城）海埔地工業區工業專用港開發計畫環境影響評估報告書初稿」案之「健康風險評估」議題專家會議第3次延續會議選在吳焜裕教授必須授課之時間召開，且吳教授質疑國光石化在廢汙水評估上，處理過後的廢水比『飲用水』還乾淨，國光石化評估之有毒物質不足乙事，本署說明如下。
本案「健康風險評估」議題專家會議之專家係由（一）目的事業主管機關/開發單位（二）縣政府/鄉公所（三）民間團體等三方各推薦2人代表參加，此專家會議是釐清爭議而非一言堂之平台，上開媒體不應一昧引用單一專家之看法或言論，而忽視其他專家對本案所付出之心力。本專家會議時間之選定原則為先詢問三方推薦6位專家可出席之時間後，挑選各方至少1位以上專家可出席之時間作為開會時間，以確保三方意見能在專家會議中公平呈現，藉此理性地釐清爭議，而本專家會議一共召開4次，吳焜裕教授就有3次可以出席，不能僅1次開會時間與吳教授授課時間撞期就作出如此質疑之報導。
另針對國光石化評估之有毒物質不足乙節報導，亦未報導出完整之真相，99年8月24日及11月11日兩次專家會議中吳教授雖有提出這樣的意見，但國光石化委託單位亦有回應說明本案三百多種有毒物質的篩出原則與方法，如果吳教授能具體提出他們可以作評估卻未評估之有毒物質及資料庫數據，他們願意來參考辦理，99年8月24日會議中亦有其他專家指出，因科技不斷在進步，新的有毒物質可能不斷地被鑑定出來或有更好的資料庫被建置出來，所以提出「請開發單位承諾未來健康風險評估之物質清單有變動時，將依環境影響評估法相關規定提出變更」之建議，此建議也有納入該次會議結論中。
此外，有關報導吳教授質疑國光石化在廢汙水評估上，處理過後的廢水比『飲用水』還乾淨乙節，僅引用單一專家之看法，亦未平衡報導真相，針對這項質疑國光石化委託單位亦有回應說明，某石化廠之廢水共檢測了六十多種物質，會中表列之7種物質外皆為ND（未檢出），故未列出，且檢測次數亦不只1次，會中簡報只列出濃度最高之檢測值，與放流水及飲用水水質標準相比，確實有較低，但這是真實的檢測數據且已將最糟狀況（Worst Situation）納入考量。
本署重申專家會議是釐清爭議而非一言堂之平台，呼籲媒體朋友應平衡報導並追求事情真相，不應一昧引用單一專家之看法或言論，作出偏離事實之報導，如此不但抹煞了其他專家對本案所付出之心力，也將造成民眾不必要之擔憂或誤解，本署環境影響評估審查委員會仍然會秉持公平、公開及謹慎之態度，來完成本開發案之環境影響評估審查。