環保署101年度公務預算計編列60.19億元，較100年度預算減列3.47億元，約減少5.4%，外界因此質疑政府不重視環保，實屬誤解。
公務預算減列主要是因為環保科技園區推動、河川及海洋水質維護改善等二項計畫已辦理完成，核實減列14.1億元,以及依業務需要增加編列水體環境水質改善及經營管理等計畫10.63億元所致。
另外,環保署主管之環境保護基金101年度預算編列64.8億元，較100年度預算增列空氣汙染防制、土壤及地下水汙染整治與環境教育推動等計畫12.08億元，約增加22.9%。
綜上，環保署主管101年度公務預算及環境保護基金預算共計編列124.99億元，較100年度共增加8.61億元，約7.4%，充分展現政府重視環保之決心。