為配合土壤及地下水污染整治法修正，環保署於99年7月7日預告修正「土壤及地下水污染整治費收費辦法」及「土壤及地下水污染整治基金收支保管及運用辦法」，並已刊載於該署全球環保網站（網址：http://ivy5.epa.gov.tw/epalaw/index.aspx）法規命令草案預告區網頁，歡迎各界對於該法規內容有任何意見或修正建議者，請於公告刊登公報之日起14日內陳述意見。
環保署表示，土壤及地下水污染整治法已於99年2月3日修正，相關法源依據因而變更，而土壤及地下水污染整治費自90年開徵之主要目的係為預防及整治土壤及地下水污染，與籌措不明場址污染整治基金，性質上屬特別公課，但伴隨整治工作展開及土壤及地下水污染整治基金應用範疇擴大，及國內時空背景已大不相同，有必要合理檢討現行徵收制度，因此修正收費辦法及收支保管辦法。
環保署表示，此二草案重點除規範環保基金提撥比例及縣市政府需提撥罰鍰比例與相關支出用途外，並通盤考量各類物質風險，而將一般事業廢棄物、有害事業廢棄物、煤、鐵礦砂、鋅、鎳及銅等物質納入徵收，並檢討出口退費設置及比率，且鼓勵業者進行污染預防措施而調整工程及保險退費得合併25％退費上限等。
為廣徵各界意見，環保署將邀請專家學者、相關公會、產業、政府機關及環保團體辦理研商公聽會，各界如有相關建言，可於本標準草案預告期間或公聽會時提出，一齊做好環境保護工作，共同維護環境品質。