為解決我國多座水庫水質優養化的問題，環保署引進日本新興發展水質淨化新法寶─多層複合濾料(MSL, Multi-soil Layering)水質淨化系統，此系統不僅可削減污染物，讓水體清澈，還可有效去除優養化的關鍵因子─磷。目前在澎湖縣成功水庫已有模場試驗中，另高雄市阿公店水庫與桃園市龍潭大池也有實場在施工中。
河川中的磷來自於人類的各類活動，如使用各類之清潔劑與農藥，及人體排泄物或食物殘渣等，經降雨之逕流帶入河川。當磷濃度累積，會導致藻類大量生長，致使水質逐漸變差，水體進行優養化，在優養化現象發生的過程中，水中氮與磷的濃度極為重要，尤其限制磷濃度，可有效控制藻類之生長。
多層複合濾料(MSL)處理技術為發展自日本的一種新興現地水質處理技術，具有使用材料天然無污染、用地小及維護成本低等優點。該處理系統主要由混合土塊層(SML, Soil mixture layer)和透水層(PL, permeable layer)組成，搭配導流水管及通氣管。混合土塊層內含土壤及添加材料，如木炭、有機纖維、鐵粒、不織布等，而透水層則由直徑粗顆粒組成，材料主要為礫石和沸石等，混合土塊層中的鐵粒經化學反應後可削減總磷濃度，改善優養化問題，而透水層的礫石可將水中懸浮固體物攔阻，即透過土塊層鐵離子化學反應而達到沉降效果，提升水體透明程度，達成污染物削減及水體清澈的目的。環保署已在澎湖縣成功水庫設置利用生物網膜(Bionet)曝氣過濾槽及多層複合濾料(MSL)試驗模場處理湖庫水質，目前試驗結果均能將總磷濃度削減至0.01 mg/L。
除了引進新興現地處理技術處理受污染水體水質，環保署也與政府相關單位共同推動點源污染及非點源污染之防治，包括提高污水下水道接管率，設置合併式淨化槽、低衝擊開發(LID, Low impact development)等建設，並強化水土保持宣導、合理化施肥，鼓勵水庫集水區民眾使用無磷清潔劑等，以降低源頭污染排放，希望藉此有效改善水庫水質，讓供應自來水之水庫原水均符合環保署飲用水水源水質標準，淨水處理後之自來水亦均符合飲用水水質標準。