台灣媽祖魚保育聯盟指稱政府服務財團，發起總統府快閃行動一事，環保署表示遺憾，對於國光石化的環評審查過程，環保團體一直密切參與，但仍在網路上傳遞了許多錯誤資訊，環保署特此澄清。
環保署於99年5月31日、6月9日、10日召開國光石化案「海岸地形變遷之模式模擬」、「中華白海豚之影響與因應」、「健康風險評估」、「水源供給」議題暨「彰化雲林地區重大開發案件用水規劃」等4場專家會議，前開4場專家會議，是由環評委員中具相關專長之委員與（1）目的事業主管機關/開發單位、（2）縣政府/鄉公所、（3）民間團體三方推薦之2位專家組成專家會議進行審查，除部分環評委員有重複外，各議題乃是分別由四批不同人員組成，針對不同議題進行審查，且開會通知及會議資料均於一週前寄出，參與之委員或專家不會有一週要看四份不同資料之情形，因此不會有「專家學者是否有充分的時間閱讀資料」之問題。
再者，國光石化開發案專案小組委員及專家學者加起來共有31位，加上「海岸地形變遷之模式模擬」、「健康風險評估」、「中華白海豚之影響與因應」及「水源供給」四個議題三方推薦之2位專家，合計有55位學者專家參與，是歷年來動員最多學者專家來參與之審查案件。此外，無論是「宏碁智慧園區開發計畫暨中華映管股份有限公司申請龍潭工業園區報編計畫因應對策暨環境影響差異分析報告」、「彰工火力第一、二號機發電計畫環境影響說明書」、「中部科學工業園區第四期(二林園區)開發計畫環境影響說明書」及永揚環評案爭議處理…等案件，專家會議召開之議題都未超過3個，而國光石化開發案為有效釐清爭議，一共召開4個議題，亦是歷年來同一案件召開專家會議議題最多的一個。
綜上，國光石化開發案環評審查之嚴謹度與其他開發案一樣，環保署均以最嚴謹之態度來辦理環評審查，請環保團體不要以臆測及不實之言論來抹黑環保署，環保署是全民的環保署，為全民服務，希望能創造經濟發展與環境保護兼籌並顧的雙贏，而不是雙輸，環保團體誣衊環保署「財團只要放話，政府就趕緊替它想辦法，老百姓實在搞不清楚：政府到底是財團的公僕，還是人民的公僕？」，不僅對認真負責的公務員不公平，同時對參與審查的環評委員及學者專家亦不公平及不尊重，尤其是其中還包含多位是環保團體推薦參與之學者專家。