有關基隆市政府於112年5月31日廢止該府109年9月24日原則於「基隆市水產動植物保育區」同意開發函，環保署說明，經濟部於109年10月13日轉送「協和發電廠更新改建計畫環境影響評估報告書初稿」至環保署時，已依環評法施行細則第11-1條規定就非屬主管機關主管法規之爭點予以釐清。
「基隆市水產動植物保育區」為非屬環保署主管法規之爭點，屬基隆市政府依漁業法規定進行之審查，屆時仍須由開發單位及目的事業主管機關（經濟部）釐清說明，並依該法規辦理。水產動植物繁殖保育區法規與環評法規為不同法規及程序，各自依其法規執行，因此環評仍依環評程序進行，並不以其他法規審查結果為前提。
環保署強調，「協和發電廠更新改建計畫」仍在進行環評審查作業，開發單位有必要就各方所提環境疑慮意見切實回應說明，以釐清相關疑義，環評委員將秉持專業進行審查。