河川環境的維護與民眾生活息息相關，為推動河川流域復育及再生，環保署自97年起積極推動「河川及海洋水質維護改善計畫（第2期）」，就行政管理、工程技術等各個面向，全面推動河川水質之維護改善工作。
環保署表示，目前已完成新北市中港大排與湳仔溝、屏東縣萬年溪、高雄市鳳山溪、台中市柳川等5條都會型河川之階段性整治，相關截污措施(包括污水截流、現地水質淨化等)每日共可處理約34萬4,800公噸之廢水排入河川，俟今年基隆市田寮河截流工程及桃園縣老街溪新勢公園礫間氧化工程完成後，處理水量將可提升至每日43萬2,800公噸，削減河川中生化需氧量(BOD)每日達2萬7,900公斤，若以每人每日污染當量40公克估算，共可削減約70萬人產生之污染量。如將提供民眾親水遊憩、提升居住品質及促進地方觀光等附加效益納入考量，受惠民眾可達172萬人。
師法自然，因地制宜，應用多元淨化工法改善水質，係在污水下水道系統網絡完成前，早日讓民眾享受清淨河川及活化水岸的策略措施之一。環保署指出，全國各地已完成98處以上之現地水質淨化處理設施，總面積達521公頃，總處理水量每日達56萬5,000公噸，削減水中生化需氧量(BOD)每日約8,500公斤，相關建設除有助於水質淨化外，另結合生態保育、景觀遊憩與環境教育，更具有提升民眾生活品質之附加效益。
除透過工程手段改造水域環境外，面對氣候變遷、旱澇加劇之極端環境，該署同步推動流域整合管理制度，以「水質清淨程度」、「流域生態環境」、「水岸環境活化」、「政府行政管理」及「民間投入參與」等5大主軸22項績效指標架構，整合水、土、林及空氣等自然資源保護，兼顧污染防治及自然資源保育，維持生態平衡之目標，考評全國重點河川流域水質管理績效。自從98年推動以來，藉由流域整合管理之推動，考評之激勵，各地方政府多已成立河川污染整治及流域管理推動平台，並由縣市首長擔任召集人，讓原屬弱勢之水環境污染管制業務呈現亮點，提升施政績效。
在公部門資源有限下，結合民間力量，使政府與民間成為夥伴關係共同守護河川，為改善水環境的重要策略之一。環保署自91年起，即積極推動各地方政府成立河川巡守隊，截至100年止，全國共已成立357隊水環境巡守隊，隊員計9,863人，舉發處理污染案件（發現不明排水管路、暗管、廢水排放等）數150件，辦理淨溪、淨川活動1,146場次。相關巡檢成果、污染點通報等訊息，均可透過該署建置之「水環境保育網」(http://ecolife.epa.gov.tw/conservation/)查詢，而善用資訊媒介，亦為民眾參與水環境巡守、關懷鄉土的有效工具。
藉由前述整合性策略及制度之推動執行，河川水質已有所改善。全國50條主次要河川嚴重污染河段長度由92年15.8％降至100年6.0%，未（稍）受污染河川比例，從92年之59.4%，改善至100年的63.3%。其中淡水河、南崁溪、老街溪、濁水溪、新虎尾溪、急水溪、鹽水溪、二仁溪及愛河等9條重點河川之嚴重污染長度，從96年之12.8%下降至100年的11.7%；河川不缺氧（溶氧大於2mg/L）之合格率，從96年83.9%提升至100年的86.2%。
環保署表示，為持續改善及維護水體環境品質，打造宜人樂活之水環境，該署提報之「水體環境水質改善及經營管理計畫」已於100年5月18日奉行政院核定，在未來的6年內（101～106年）該署將與各地方政府持續維持良好的夥伴關係，共同努力推動其他都會型河川整治，讓每座城市都能擁有屬於自己藍帶，營造永續優質的水域環境，達到河川不缺氧、不發臭的目標，讓每位民眾在經濟高度發展的同時，亦能享有潔淨綠意的親水空間。