畜牧廢水為造成河川及水源污染的主因之一，為削減污染，環保署將推廣清潔養豬，並輔導養豬戶於畜舍內示範設豬廁所。畜舍設置豬廁所，廢水可減量50%以上，且可集中回收豬糞利用作堆肥，可讓養豬產業躍升改變成為綠能產業之一環。
環保署表示，傳統養豬用清水清洗畜舍，產生高濃度有機作業廢水；同時將含高有機物具回收再利用價值的豬糞，溶解於廢水中帶出，雖經處理後排放，其濃度及總污染量仍為環境沈重之負擔，而且，沖水作業又容易讓仔豬肺炎生病或因冷緊迫而影響育成率。
環保署說，所謂清潔養豬是在畜舍角落設置豬廁所，豬隻經簡單調教後，會集中於豬廁所固定排泄，除大幅減少沖洗豬舍用水量及頻率，減輕廢水處理負擔外，並可減輕畜舍臭味。此外，集中收集含高有機物豬糞，可進一步運用豬糞再利用技術，將豬糞製成堆肥或生質燃料等。雲林縣山東牧場已於豬舍設置豬廁所，除廢水減量效益外，亦有提高育成率約20%以上之實績經驗。因此，以我國養豬業610萬頭之飼養規模，推廣清潔養豬，有助於將傳統養豬產業躍進為綠能產業。
環保署鑑於清潔養豬具減污及綠能功效，且已有成功案例，故籌措經費補助宜蘭縣、彰化縣、雲林縣及嘉義縣，執行養豬業源頭減量豬廁所示範推廣計畫，預計遴選100戶養豬戶設置示範豬廁所，以輔導推廣養豬戶改變傳統畜產管理方式。
環保署表示，清潔養豬絕對是未來養豬業要長期經營的畜產管理方式，並已積極補助養豬大縣辦理養豬業源頭減量清潔養豬(豬廁所)示範推廣計畫，以促使養豬戶採用清潔養豬畜產管理方式，將養豬業變身為綠能產業之一環。