針對媒體持續報載台塑王文淵總裁於107年3月6日表示「環評要求不合理」及「台塑集團也是人，機器總有故障時，不能把握百分百生產」，環保署重申107年3月2日專案小組第2次初審會議結論「枯水期日產淡水量10萬噸」「3年內完成興建營運」等內容，係按台塑代表吳宗進副總經理發言內容記載，且同意將六輕擔心的不可抗力因素納入考量。環保署建議台塑高層能切實掌握當日會議情形，避免以訛傳訛，造成外界誤解。
環保署前於107年3月3日主動發布「環署澄清台塑抨擊的是自己回應的海淡供水機制，而非環評審查的增加要求」新聞稿（如附件）澄清，環保署重申，王總裁反彈之「不能把握百分百生產」，係按初審當日六輕率隊代表吳宗進副總經理於回應環評委員時明確表示（逐字稿）：「剛剛劉委員有說希望可以達到7成、2,700萬噸，這我想要先跟委員報告，我們是分枯水期跟豐水期，枯水期當然一定是百分之百，在2到5月一定是百分之百，就百分之百。」而納入結論文字；又於內部會議後宣讀結論時，吳副總經理即未再進入會場聆聽結論，而六輕其他人員看到結論文字後，卻表達無枯水期滿載之規劃，進而詢問如遇有颱風、地震、機器故障、歲修等情況將無法操作，經委員討論同意納入「排除不可抗力因素」之文字，至於其適用情境得由六輕於本案後續提委員會時具體提列，以作為後續執行管制之依據；此外，六輕其他人員亦質疑後續監督過程倘枯水期未達滿載而遭裁罰停工，其目的不就相反，環保署環境督察總隊代表當場即回應該未切實執行之情境，於裁罰時倘處以停工已難以達成管制改善目的，僅適合處以罰款要求後續切實執行。
環保署補充，針對王總裁反應「我們連設備更新都不行，不要再繼續談投資」，六輕四期第六、八、九次環境影響差異分析報告案，前經環評審查盤點，並由開發單位回應說明，針對3案共276項毒化物及312項上游原料，環評報告中確有33項毒化物及21項上游原料之排放增量未評估，另有18項污染減量未提出得以達實質減量效果之減量來源及後續控管方式，經提106年3月15日環保署環評委員會第309次會議討論決議應重新辦理環境影響評估。
環保署呼籲，環評係採專業、客觀、公開、理性之方式辦理審查，開發單位對於環評委員所提環境保護疑義事項均有必要切實回應，且將回應內容納入開發行為後續規劃執行事項，倘執行規劃認有窒礙難行者，亦得於審查過程提出公開討論，如同台塑代表吳副總經理於初審會議所言「我們是希望本環評案的各項疑義都能夠被釐清，並且能夠獲得本次審查小組的審查通過，台塑企業在環評通過以後我們預計3年內會完成這個海淡廠的興建，趕快來運轉」，環保署近來已採行一連串精進措施，致力於提升環評審查效率，也期盼六輕以「回應溝通」取代「放棄國內開發」，以達經濟與環保兼籌並顧之目的。