針對媒體報導民進黨立委表示蘇花改通過環評審查是「飆車式」環評以24天通過審查，環保署強調蘇花改環評審查均依環評法規定審慎辦理，環評審查時程長短與其爭議事項能否獲釐清及處理是密切相關的，以蘇花改與國光石化的環評審查比較為例，因國光石化環評審查時有水源供給、健康風險評估、海岸地形、中華白海豚、溫室氣體等爭議的環境議題，因此該署召開專家會議釐清事實，供作是否通過環評審查參考，為釐清相關爭議，該署已召開20餘次會議討論，迄今長達229天（含開發單位補正資料時間），仍有「健康風險評估」議題，專家會議尚未獲致結論。但蘇花改歷次環評審查會中，各界皆贊成本改善計畫之必要性，對於通過本開發案環評審查並無重大爭議，在釐清、確認外界關心地質資料是否充分、隧道湧水、生態影響等議題後，環評委員會即可作成審查結論，環保署表示環評爭議事項獲釐清及處理即可完成環評審查，因此，不應以環評審查時程長短推論審查是否嚴謹。
環保署表示，環境影響評估係以預防及減輕開發行為對環境造成不良影響，藉以達成環境保護的目的，因此，開發案是否對環境有重大影響，才是環評審查最關切的議題，任何開發案，如開發單位可對環評爭議的事項提出充足資料及妥適的減輕與預防措施，環保署均將儘速完成環評審查。