環保署秘書室有一位員工於3月4日到12日之間，運用個人休假參加埃及旅遊團，曾在13日正常上班一日，後續展開居家隔離，並在22日下午確診患武漢肺炎。23日此例獲社會關注，環保署在此說明事件經過與處置措施，環保署超前部署及首長重視情況，已獲北市衛生局與中央流行疫情指揮中心防疫醫師肯定。
環保署已在該員居家隔離後的隔天，即16日召開應變小組會議，採取加強防疫措施，22日配合台北市衛生局隨即派員到署進行疫調作業，23日再度辦理環境消毒。目前曾接觸該員4位同仁安排居家辦公，並展開同單位同仁辦公空間加大、環保署全面禁止未戴口罩者入內、電梯分流、公用設施定期清潔等防疫措施。
該員出發時，埃及等北非國家尚未遭中央流行疫情指揮中心列為第一級注意(Watch)警示區，3月15日直接公告為第二級警示區(前往應加強防護)、3月16日並提升為第三級警告(避免至當地非必要旅遊)。
該員13日上班當日，環保署恰巧同時辦理「分開辦公演練計畫」演練，有些同仁於演練時就戴口罩上班，尤其秘書室同仁同時獲知該同仁剛回國，該員及其座位附近同仁即都戴上口罩，且經常以酒精消毒辦公桌椅及相關用具。
該員在3月15日(星期日)晚上，接獲居家隔離通知後，次日即未到班，環保署並隨即於3月16日(星期一)召開應變小組會議，採取加強防疫措施。
後環保署獲知該員被通知採檢後，為了加強防疫即提前部署，由署長召開應變小組預為因應，如該同仁確診將採取相關辦公環境加強防護及深度消毒措施。中央流行疫情指揮中心於3月22日下午發布該員為確診，台北市衛生局隨即派員到署進行疫調作業，經環保署說明、訪談相關同仁外，並現場勘查該員座位環境、了解工作內容及與同仁互動情形，該局肯定環保署超前部署及首長重視情況，並同意環保署目前4位同仁居家辦公安排。
環保署後續依台北市衛生局疫調結果通知之規定及建議辦理。再於3月23日(星期一 )再度辦理環境消毒，請3月13日接觸該員之同仁依規定居家辦公，做好自主健康管理；另已再規劃其他同單位同仁辦公空間加大與至其他空間。同時再加強作下列防疫措施：
(1)訪客一律請戴口罩，未戴口罩者禁止入內。
(2)電梯分流及面板加裝膜片減少接觸及方便消毒。
(3)廁所、茶水間及水龍頭設施、門把每2小時清潔1次。
(4)安排該員辦公單位及3月13日附近同仁單位之每位同仁發給酒精及口罩，並加大其辦公空間，要求加強自主健康管理。
(5)另要求相關同仁務必做好戴口罩、勤洗手、酒精消毒等相關防疫措施。