高雄市政府有完全的權力與責任稽查處罰汙染源的違法行為。此次日月光停工處分是市政府環保局下達，日月光不服時須向市政府訴願，被市政府駁回後就可直接到行政法院訴訟，與環保署無關。但環保署要盡政策制定及督察、督導、輔導、協助及提醒的責任。
如果詳讀環保署102年12月19日那篇要陳菊市長澄清的新聞稿，及附件中高雄市政府99年4月22日二封分別給日月光及經濟部南梓加工出口區管理處，同意日月光4月17日已完成緊急海洋放流的公文，就知道市政府是同意日月光的緊急排放連接管經由加工出口區的海洋放流管排放至海。
今年10月5日的緊急排放，日月光於9月26日先以正本公文告知市環保局，為了回收汙水作為中水利用的工程，需要緊急排放。市政府一如99年那次在執行日前沒有回覆日月光。日月光循99年之例，自行向加工出口區管理處申請及辦理。但這次執行完畢，在12月中市政府說是暗管及偷排。這前後的矛盾，相信市政府已經納入昨天下達日月光停工命令的考量之中。
高雄市政府的八大日月光停工理由，除了故障不報備且未停產或降產而繼續排放外，其他理由均顯薄弱。因為這些理由是平日稽查或發生前就可處罰或要求改善的違規，不必讓他累積成為重大污染再來勒令停工的理由，造成環保、經濟及勞工三輸的局面。
不過，日月光案只要有一項符合停工要件的事証成立，就可命令停工，這是高雄市政府在後續訴願或訴訟中要守住的底線。另外，若惡意偷排，蓄意設置暗管的事証明確，第一次發現就可命令停工，不可手軟等到第三次，會累死稽查人員。
上述關於稽查裁罰作為須要改進的地方，是中央環保法律及執行制度設計長久以來的缺失，及地方執法長期受到干擾所形成，不是只發生在日月光的單一問題。所有環保單位的稽查裁罰人員，都要以此為鏡，戮力改進。高雄市環保局長陳金德接任不久，勇於任事值得其他環保同仁肯定與效法。
下述改進作法有些是三年前環保署即已提出，有些是最近新的強調，提供稽查裁罰人員參引：
一、環境經濟勞工三贏的策略
1.環保稽查不可縱放養成重大違規污染再來命令停工，造成環境經濟勞工三輸非三贏。
2.平日稽查一定要入廠巡查，發現違規及時處罰糾正，切莫取了水樣就走，形同縱放。
3.從蛛絲馬跡發現廠方惡意隱藏暗管偷排繞流，先行警告一旦發現勒令停工絕不寬待。
4.故障立即報備，記錄及公開污水處理操作及監測結果，是沒有惡意隱瞞的重要證據。
二、未來環保稽查裁罰的四項守則
1.只查結果 不查原因 形同縱放
2.進廠巡查 糾正缺失 即罰即改
3.暗管偷排 一次停工 不等三次
4.深度稽查 有效裁罰 不法利得