環保署於105年1月19日修正發布「水污染防治措施計畫及許可申請審查辦法」，名稱並修正為「水污染防治措施計畫及許可申請審查管理辦法」（以下簡稱本辦法）。本次修正主要係因應水污染防治法（下稱本法）104年2月4日修正公布，為配合污染物揭露及風險評估、資訊公開、應特予保護農地水體之排放總量管制、畜牧糞尿厭氧發酵之沼液沼渣作為農地肥分使用等重大措施之推行及強化許可程序實務管理，相關重點如下：
一、因應本法第14條之1第1項至第3項規定，增列指定公告之事業申請水措計畫或排放許可證（文件）時應揭露污染物項目、濃度及排放量資料，其屬放流水標準管制以外之污染物項目資料，直轄市、縣（市）主管機關認定有危害生態或人體健康之虞，應命其18個月內提出風險評估與管理報告，並依報告之審查結果核定污染物項目排放濃度或總量限值，納入登記之審查規範與程序。未依規定期間提出者，涉及放流水標準管制以外之污染物項目部分，不得運作。
二、配合水污費徵收及資訊公開， 106年1月1日起許可之申請、變更及展延全面網路化。
三、配合本法第63條之1及第69條資訊公開規定，增訂申請復工（業）者，應公開水污染防治措施及污泥處理改善計畫，由主管機關召開審查會議並參考專家學者及利害關係人或公益團體之相關意見，並公開審查會議紀錄之程序及內容。此外，增訂事業及污水下水道系統申請案件檢具之相關資料與補正文件及經核發機關核准之文件，經隱匿個人資料後，應公開於中央主管機關指定之網站。未依規定辦理者，核發機關應駁回申請。並明確資訊公開隱匿之個資資料及工商機密定義規定。
四、為降低廢水排入灌溉渠道造成農地污染之風險，增訂應特予保護農地水體之排放總量管制區污染源許可總量管理之方式。第一級總量管制區內，不得核發新申請水措計畫及許可證(文件）及變更增量之排放許可證（文件）；總量管制區放流水管制限值施行後5年，區內水體所含重金屬仍未能符合灌溉用水水質標準，對於廢（污）水含重金屬之業者違反本法規定且屬情節重大者，水措計畫及許可證（文件）有效期間屆滿後不得再核發。第二級總量管制區內違反本法規定撤銷或廢止水措計畫及許可證（文件）者，不得再核發。
五、全量使用畜牧糞尿厭氧發酵之沼液沼渣作為農地肥分者，為簡化許可之申請，免申請水措計畫及許可證（文件）。
六、賦予許可實務管理之彈性，增列與廢（污）水、污泥產生量有關之製程設施、生產或服務規模與如原廢（污）水水質較佳、原廢（污）水水量偏低、暴雨或停電等特殊情形之操作處理流程應登載於水措計畫及許可證（文件）。
七、為強化試車管理，進行試車時有違法，主管機關應要求改善或停止試車，未依試車計畫書進行，另應按其違反情節，分別處分。
八、為簡政便民，增列水措計畫或許可證（文件）之變更，須進行工程改善或功能測試者，經核發機關審查通過後，水措計畫或許可證（文件）有效期限重新計算，最長不超過5年。
九、因應限水期間，簡化事業調度用水來源與許可證（文件）登記不一致之作業，爰增列免辦理水措計畫及許可證（文件）變更之規定。
環保署表示，本次修正內容詳載於環保署網站「最新環保法規」（網址：http://ivy5.epa.gov.tw/epalaw/）供各界下載參考，環保署已規劃針對修正內容舉辦宣導說明會，以利業者及核發機關依新規定辦理。