環保署為持續推動河川污染整治，除積極管制各項污染源外，並採河川現地處理的標本兼顧方法，對於污水下水道未普及地區的流域與支流排水，推廣以生態工法為基礎的水質淨化工程，以截流處理生活污水。至目前為止，已於朴子溪、二仁溪、將軍溪等三流域完成五處水質淨化工程，其工法包括濕地、地表漫流、塊石護岸、接觸氧化法等，總計每年可削減生化需氧量(BOD)約二十七公噸。本年度並持續於淡水河系、南崁溪、烏溪、二仁溪、將軍溪、高屏溪等六流域推廣該項工作，年底將累計完成十五處水質淨化工程，每年可削減生化需氧量(BOD)約六百四十二公噸，對於減緩河川水質的惡化，有相當之貢獻。此外，本年度也於北港溪流域，辦理水質淨化工程的細部設計工作，預計將於以後年度陸續推動施工。
所謂生態工法是基於對生態系統的深切認知與落實生物多樣性保育及永續發展，而採取以生態為基礎、安全為導向的工程方法，以減少對於自然環境造成傷害。通常生態工法可採用以下幾種方法，例如：植生處理法，包括：濕地、浮島、浮游植生、草溝、草帶、植栽濾床等；土壤處理法，包括：灌溉處理及地下滲濾等；以及接觸氧化法，包括：礫間接觸、填充濾材、淵與瀨等。
生態工法具有許多優點，如可提高環境污染淨化能力、促進生物多樣性、提高經濟效益、提升環境美質並創造親水空間、落實環境教育等。其缺點則是用地需求較大，對於人口稠密的都會區較不適用。
為確保生物多樣性，促進水環境永續發展，環保署於河川流域推動設置高低灘地生態園，主要係提供生物多元的棲地空間，並復育失衡的生態，目前已於朴子溪、將軍溪等二條流域，完成二處面積計五公頃。本年度並持續於朴子溪流域推廣，今年底將累計完成六處，面積累計達四十五公頃。
自然共生的堤坡綠化具有連結藍帶及綠帶，維持生物遷移廊道的功能，並可調合視覺景觀，減緩熱島效應，環保署已於朴子溪、高屏溪等二流域完成三河段自然共生的堤坡綠化，河堤長度達五．六公里，其工法包括植生格網、木框格牆加植栽等。本年度並持續於朴子溪、高屏溪等二流域推廣該項工作，今年底將累計完成四三•一公里河段之堤坡綠化。
自然共生的灘地綠化除可增加親水空間，並可減緩逕流量，減少污染物進入河川，降低非點源污染，並可增加地下水源補注。環保署已於高屏溪流域完成五公頃自然共生的灘地綠化。本年度並持續於烏溪、高屏溪等二流域推廣，今年底將累計完成一一八公頃自然共生的灘地綠化。此外，本年度亦於北港溪流域辦理灘地綠化的規劃工作，預計將逐年陸續推動。
為促進水體永續經營，落實環境教育，環保署並推動生態教育園，建立生態教室，定期執行學生、社區居民及種子教師的生物技能養訓，使其了解生態工法，建立與自然共生共榮的觀念。已於朴子溪流域圓崇國小，建立一處生態教育園，頗獲好評。本年度並持續於南崁溪、朴子溪及北港溪等三流域推廣，預計今年底將累計完成四處面積累計達二十一公頃的生態教育園。
環保署自九十一年開始推動生態工法應用於河川污染整治，辦理水質淨化工程、生態園、自然共生的堤坡及灘地綠化等工作，各項措施均已初具成效，在削減污染量、落實環境教育、復原水環境生態活力等方面，提供相當的效益，未來將陸續引進各項生態工法，辦理河川污染整治工作，以落實水環境永續經營的原則與理念。