主計處公布九十年國民生活指標顯示，重要河川嚴重污染長度比例，去年是百分之十三點二，較前年的百分之十二點一糟糕，也較八十六年的百分之十二惡化，據監測統計數據，九十年度的污染嚴重河段比例，確有增高的趨勢，其原因除為該年度降雨量減少外，另因經費緣故，未執行花蓮溪等十五條東部河川的水質監測，而東部河川多為未受污染河段，未納列統計的結果，亦造成嚴重污染河段的比例增加。
為維護改善河川水體水質，並考量有效分配資源，環保署依水體的用途、重要性、污染程度及污染來源，選擇優先整治的河川，研擬具體改善策略及措施，九十一年優先選定的重點河川包括高屏溪、朴子溪、北港溪、中港溪、客雅溪、典寶溪、南崁溪、二仁溪及將軍溪等九條。相關計畫係以保護飲用水水源、減少工廠、畜牧業污染排放量、削減集水區非點源污染量、人口疏散地區的生活污水處理、污水截流設施的設置、清除河面、河岸垃圾髒亂點、維護河川生態、創造河岸親水空間、加強民眾參與等為重點工作。
環保署表示，由於河川污染整治工作的權責涉及諸多部會，如下水道系統建設、行水區非法行為的取締、畜牧及工業的輔導及污染管制等，亦需各部會及相關單位依權責共同辦理。該署相當重視各單位的聯繫與配合，已會商相關單位，請其惠予優先配合辦理重點河川的相關業務，包括下水道系統建設、砂石濫採、非點源污染防治等，以配合削減各項污染源。另並已督導各縣市政府，針對轄內重點河川，成立縣市河川污染整治的推動小組，加強推動相關措施，以加速彰顯河川污染整治成效。
環保署說，由於今年台灣地區降雨減少，為掌握乾旱地區水體水質，並能隨時應變，該署除持續辦理台灣地區主次要河川的水質監測外，並依據「台灣省自來水公司全省各地用水供需檢討簡報」的主要水庫蓄水情況，篩選其中蓄水有效量百分比低於30%之水庫(不含外島)及翡翠水庫總計十一處位址，並參考前述水庫所處水系與主要河川，選取相關水體水質監測站，加強監測頻率；如有污染情形，即動員相關稽查人員，加強污染源稽查、管制，並建請水庫管理機關宣導暫停可能影響水質的行為(如釣魚、遊憩等)以減少水源區污染負荷，及請各自來水淨水廠加強飲用水水源及供水水質管控，確保民眾用水安全。目前加強監測水質的工作，由於北部地區的旱象仍未完成紓解，目前仍持續辦理中。
改善河川污染現況，提供民眾良好生活環境，是環保署責無旁貸的工作，該署將持續推動依相關計畫，努力達成目標；此外，亦歡迎民眾共同參與相關的污染防治工作，並檢舉不法的行為，以共同達成清淨河川的目的。