102年10月8日蘋果日報第18版所刊載「蘋中信」專欄張鐵志先生所提「政治崩壞與小革命」所述：「臺東美麗灣開發案，行政權可以如此不遵守司法」一節，環保署必須澄清，美麗灣案開發單位於94年開發之初確有規避環評法，應實施而未實施環評之違法情形，環保署亦即要求臺東縣政府命令其停止開發行為，對於後續行政法院判決定讞結果，臺東縣政府亦據以辦理環評審查及命令停工等行政作為，並無所謂「不遵守司法」情形。本篇之說法係引用媒體報導之抗爭者用辭，並非該案環評實際情形，環保署已多次以新聞稿澄清在案（網址：http://ivy5.epa.gov.tw/enews/fact_Newsdetail.asp?InputTime=1011121194502、http://ivy5.epa.gov.tw/enews/fact_Newsdetail.asp?InputTime=1020102095705）。
本篇專欄中提及我國「缺乏公民參與機制」，環保署就近年來致力於強化環境影響評估制度中有關公民參與機制之努力，提出以下回應說明。
環境影響評估之「公眾參與」係指社群中民眾得以共同分享決策的過程，藉由參與過程而對決策產生相當程度的影響力。環境保護爭議多發生於經濟發展或決策過程中，開發者與反對開發者間之利益或價值觀衝突及取捨，或風險負擔平衡的問題，環保署認為，權益相關者於「風險評估」至「風險管理」的階段均應有參與的機會，並獲得充分及公開的資訊，以避免其權益受到不當的侵害。
環保署認為，該專欄提及民間發起之改造環境、珍惜土地等小革命，確為亟需聆聽及尊重之意見，惟如何建立機制讓民間意見得以與環境影響評估等政府決策制度適度結合，是環保署等政府機關必須努力達成之主要目標。縱然現行環評制度在法律授予否決權情形下，導致環保主管機關變相擔任目的事業主管機關代理溝通者之角色，惟環保署仍在相關法令規定或審查作業調整過程，持續要求開發單位於規劃階段落實民意溝通作業，並加強目的事業主管機關於審查過程之完整參與，希望讓民間意見得以直接、有效地提供最終開發許可決策者之判斷參考。
環保署近年處理重大環境爭議議題，除讓資訊充分公開外，對於民眾團體所提涉及釐清事實與不確定性的「風險評估」議題，在爭議各方難以建立互信機制之困境下，環保署特建立「專家會議」之決策參與機制，由爭議各方推薦具有該議題所需專長的專家參與，藉專家間的專業對話，對爭議事項的事實與推論，進行價值與利益中立、客觀的查核及討論，以確保最終獲得事實與推論的共識，未受到爭議各方及權益相關者的影響及扭曲，俾能提供價值中立、非利益妥協、客觀科學的事實調查與影響預測的「風險評估」結果，以進行後續「風險管理」機制。環保署採行上述民眾參與專家代理機制，已完滿處理許多環評爭議議題，如臺南永揚掩埋場環評地質爭議等，並建議其他部會亦採該機制釐清爭議議題，如經濟部工業局辦理之林園工業區健康風險評估專家會議等，其結果均已獲爭議各方之肯定。