環保署101年9月4日於「六輕相關計畫之特定有害空氣污染物所致健康風險評估報告」專案小組審查會中，提供回應民間團體「六輕健康風險評估報告低估污染量數十倍，致癌風險可能超過10-4要求六輕停工、停用高污染石油焦，燃燒塔排放應具體開徵空污費及納入風險評估」新聞稿的說明資料。該署回應內容係澄清該文對環保署過去處理六輕健康風險評估案過程及所用評估方法的誤解，以避免造成外界誤解該署未站在公正立場審查台塑公司的報告。
環保署表示，另外為考量會議效率，藉書面資料澄清事實，可以避免會中針對非屬事實部分重複發言，占據討論實質問題的發言空間，所以提供上述回應資料。回應內容並無任何表達支持台塑公司立場的態度與文字，但會中仍遭此項指責。該署除由綜計處當日出席會議代表於會中正式說明環保署中立審查的立場外，對於今日(101年9月7日)該民間團體再度召開「要求退回六輕4.7期環差」記者會發布新聞內容，再度於此澄清。
該民間團體認為環評委員沒有公衛專業委員參與六輕案審查一事，環保署表示，其實該署已組成由爭議各方推薦專家參與審查的專家會議機制，將審查攤在陽光下進行，建立公信力。參與六輕健康風險評估報告審查的專案小組成員14位，其中9位是健康風險、公共衛生與流行病學專家。環評委員李俊璋主持台塑六輕健康風險評估計畫，雖於環評大會最後表決是否通過環評報告書時必須迴避，但因前述各方推薦公衛學者參與健康風險評估報告審查的程序，已先確立健康風險評估結果是否正確，並不影響其他非公共衛生與流行病學專家的環評委員，依據正確的健康風險評估結果進行最後的表決。
該民間團體另建議將「六輕相關計畫之特定有害空氣污染物所致健康風險評估報告」與雲林縣政府委託所執行的所有調查報告，一起納入進行審查。環保署表示，此為該署一向主張的做法，如雲林縣政府願意提供歷年委託調查報告資料，環保署將合併辦理二份報告之審查。
另外該民間團體分別質疑六輕廢氣燃燒塔每年短報VOCs、致癌風險低估、廢水排放超量、石油焦燃燒排放VOCs及燃燒底渣存放灰塘準備再利用、評估項目不足等事項，因事涉實體審查與事實查證，環保署表示，應由專案小組委員進行專業審查及該署督察總隊稽查，釐清事實。
環保署表示，該署審查環境影響評估書件，一向堅守中立、客觀立場，故主張應由爭議各方推薦其信任之專家參與審查，而非由該署自己決定全部的專家人選。未來仍將秉持上述原則，審慎處理六輕健康風險評估議題。